1998年版の方では *.bml と *.bms の2種類が存在していましたが、2000年版では *.bmp の1種類しかありません。これは、*.bml とほぼ同じ内容であり、2000年版では *.bms は使用しないことになります。
また、*.bmp には、 *.bml にないパターンが1つ追加されています。*.bml を *.bmp にリネームして使っても差し支えは無いと思いますが、一部で表示がおかしくなることがあります。
その他、*.bmp では、一部のコマに修正が施されています。
1998 の方では、*.stm に大小2種類の BMP 画像が含まれていましたが、2000 の方では大きいほうの BMP 画像しか含まれていません。その分ファイルのサイズが小さくなっています。
1998 の *.stm をそのまま使用しても差し支えは無いと思われますが、確認はしていません。なお、Stadium Editor は、2000 の *.stm には使用できません。s_cut.pl は、アップデートにより両方の *.stm に対応しました。s_check.pl はそのまま使用できます。
1998 の方では *.mid を使用していましたが、2000 では *.mds を使用しています。MDS ファイルのフォーマットが現在分かっていませんので、*.mid をそのまま転用することはできません。