創建時期は不明だが、天武天皇の皇子で27歳で早世した草壁皇子の住んだ岡宮の跡に義淵僧正が創建したとされる。寺の西に隣接する治田神社（はるたじんじゃ）境内からは奈良時代前期にさかのぼる古瓦が発掘されており、創建当時の岡寺は現在の治田神社の位置にあったものと推定されている。2005年に国の史跡に指定された。当寺院には「岡寺」「龍蓋寺」の2つの寺号がある。「岡寺」は地名に由来する寺号、「龍蓋寺」は法号である。仁王門前の石柱には「西国七番霊場　岡寺」とあり、通常はもっぱら「岡寺」の呼称が用いられている。宗教法人としての登録名も「岡寺」である（そのため、重要文化財建造物の指定名称は「岡寺仁王門」「岡寺書院」となっている）。

重要文化財　仁王門

慶長17年(1612)建立。埋蔵文化財の宝庫といわれる明日香村において建造物で唯一、重要文化財に指定されているのは、岡寺のこの仁王門と書院だけであります。
正面両脇には仁王像を安置。仁王門全体の歪み・各部の破損も著しくなったため昭和４２年から同４３年にかけて大規模な解体修理を行う。その時の調査でこの仁王門はほとんどの部材を古材を転用、あるいは作り替えられて使用されている事が判明。これらの古材は文明4年（1472）7月21日の大風で倒壊し、翌年に再建に着手したが完成にいたらなかった「塔」のものであると思われます。
四隅上にはそれぞれ阿獅子・吽獅子・龍・虎があり大変珍しい形態となっています

奈良県指定文化財　楼門

書院（重要文化財）の前方に建つ入母屋造の楼門。この2階部分には現在本堂にて陳列している平安時代作の兜跋毘沙門天が祀られていた。

開山堂

本堂の西側に軒を接して建つ妻入り三間堂。阿弥陀三尊を安置。多武峰妙楽寺（現、談山神社）より移築されたお堂で元は護摩堂であったと伝わる。

奈良県指定文化財　本堂

岡寺本堂。現在の本堂は棟札などから、文化２年(1805)の上棟ですべての完成迄に30年以上かかった事が判明。4mを超えるご本尊さまが安置されているお堂。

濱頭盧尊者(びんずるそんじゃ)

撫佛(なでほとけ)と言われ、身体の悪いところを撫でると治していただけると言われています。本堂の脇に安置されています。

鐘楼堂

正確な建立年代は不明ですが、梵鐘には文化5年（1808）と刻まれており、建築様式などから本堂と同時期に再建されたものと思われます。

鐘の中央付近に7つ穴があいていますが、これは先の戦時中に供出のため鐘の材質を調べる為にあけられた穴の跡だそうです

三重宝塔

古来三重宝塔は旧境内地(現治田神社境内)に建っていましたが、文明4年(1472)7月21日の大風により倒壊してしまいました。昭和59年の弘法大師千百五十年御遠忌を契機に復興に着手、昭和61年に実に514年ぶりに再建。そして平成6年より三重宝塔の荘厳として扉絵・壁画・琴などの作成に着手し、平成13年に完成しました。

大師堂

昭和の始めの建立。宗祖弘法大師さまが御本尊です。お堂の前にはお大師さまの幼少期のお姿の稚児大師さまがおられ、お参りされた子供たちは身体健全などを祈願しながら稚児大師さまを撫でていきます。

龍蓋池

十三重石塔

瑠璃井

稲荷社

奥の院石窟

弘法大師立像

義淵僧正廟所