天主閣の石垣には、未加工の自然石が用いられ、穴太積（あのうづみ）と呼ばれる技法も認められるます。また、今も200位の数多くの転用石が見られます。
五輪塔や宝篋印塔（ほうきよういんとう）をはじめ、石仏・石臼・燈籠などが石垣として使われています。
これほど大量の使用例は、大和郡山城と福知山城にしかありません。再建工事のときにも３００からの提要石が出土、発見されその一部が展示されている。
中には１３５９年（延文４）銘の五輪塔地輪（転用石の年号銘では最古）や、１５４１年（天文１０）銘の五輪塔地輪（天主閣地階の階段石に転用）があります。また、宝篋印塔の塔身、基礎、基壇と、この地域の優れた石造品をうかがい知ることができます。