室町時代の初め、尾張の守護職であった斯波（しば）義重は、清洲に守護所下津城（現稲沢市）の別郭として清洲城を築き、織田敏定を守護代としてその勢力保持をはかったといわれている。
１４７６年（文明８）守護所下津城が戦乱により焼かれ、清洲に守護所が移って尾張の中心地となり繁栄の時代を迎えた。
斯波氏は当時、室町幕府を支える三官領（斯波・細川・畠山）の家柄で、将軍家に次ぐ有力な守護大名であった。
この後、１５５５年（弘治元年）には織田信長が那古野城から入城し、桶狭間で今川勢と戦ったとき、この清洲城から出陣をして大勝した。
本能寺の変のあと清洲城主は次男の信雄となり、１５８６年（天正１４）に大改造され、内・中・外の三重の堀を構えた大城郭に生まれ変わった。
このときの城下は東西１．６ｋｍ、南北２．８ｋｍに及んだと伝えられている。

---

１６１０年（慶長１５）徳川家康は清洲廃都、名古屋遷都を指令し、１６１３年（慶長１８）尾張の都「名古屋」がほぼ完成した。
信長公の偉業を継ぐ２人の天下人豊臣・徳川のお膝下にあつて「東海の巨鎮」、「天下の名城」なとど賞賛した清洲城は、６万都市とともにその姿を消しました。これを「清越し」という。
当時の臼引歌は、そのありさまを「思いがけない名古屋ができて、花の清須は野となろう」と唄っていました。
織田信長・信忠・信雄の親子三代後の清洲城主は、豊臣秀次（関白）・福島正則（秀吉腹心の大名）・松平忠吉（家康四男）・徳川義直（家康九男）の四代です。当時、時の為政者が天下を統一、掌握するに当たって、清洲をいかに重要視していたかがうかがえます。
尚、名古屋城築城に祭し、清洲城も築城の材料として積極的に利用され、特に名古屋城御深井丸（おふけまる）の西北櫓は、清洲城天守の古材で造られたものである。この西北櫓は「清洲櫓」とも呼ばれ、今も堀に美しい姿を写しています。