長野県の中央部、松本平の低地に築かれた平城。
ここには室町時代、守護の小笠原氏の支城である深志城があつたが、武田信玄が大規模な改修を行ない、松本平の要衝とした。
１５８２年（天正10）徳川家康の支援をうけた小笠原貞慶が深志城を回復して城下町の整備にあたり深志を松本と改称する。

その後豊臣秀吉から８万石を与えられた石川数正が入對、現在の天守などの築造がはじまる。
数正は朝鮮出兵の際に陣中死したため、子の康長が築城を進め、１５９４年（文禄3）に天守が完成した。
本丸、二の丸など城の中枢部は康長の時代に整備された。

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