城の縄張りは南北８００ｍ、東西６００ｍと推定され、本丸・二の丸は琵琶湖と広い内堀に囲まれ、更に２重の外堀（内外堀・外外堀）で囲まれていた。
内堀と２重の外堀の間に家臣屋敷が建ち並んでいた。
内堀の北に御用船囲場所（軍港）があり、これに沿って軍用蔵屋敷・練兵場・兵糧米を備蓄する米蔵の軍事施設があった。
その南東にも港が造られ、湖上交通を最重視した水城であった。