江戸時代の絵図によれば、本丸には南北１０間（約１８ｍ）・東西１２間（約２２ｍ）の天守があった。
昭和初期編纂（へんさん）の「東浅井郡志」は、「秀吉が小谷城の鐘丸（かねまる）を移して３層の天守を築いた」という伝承を記している。
天守台跡は、現天守から約５０ｍ北西の秀吉像が立つ小山のあたりにあった。発掘調査で北側から６０ｍにわたる石垣が出土している。現在の石垣は、一部出土した意志も用いて積みなおしたものである。