築城年代は不明だか、小笠原氏の居城として、阿波（徳島県）の玄関口、撫養港を見下ろす丘上に築かれた山城。
撫養城（むやじょう）・林崎城（はやさきじょう）ともよばれるが、林崎城は別城との説もある。
１５８２年（天正１０）、土佐（高知県）の長宗我部元親の阿波侵攻により、岡崎城もその属城となった。
１５８５年羽柴秀吉の四国平定によって元親は降伏し、蜂須賀家政が阿波の領主として入封し、城を大改築する。その家臣益田正忠が城代に任じられた。
１６１５年（寛永１５）に廃城となっている。
現在本丸跡には３層の模擬天守が建てられているが、これは考古学者鳥居龍蔵博士の記念博物館となっている。

岡崎城本丸跡の鳥居龍蔵記念博物館