太田城は、古く延徳年間（１４８９〜９２年）に、紀俊連（きのとしつら）が築いた。また、文明年間（１４６９〜８７年）という説もある。
１５７６年（天正４）、その地に太田源三大夫が新たに築きなおした。
１５８５年（天正１３）、羽柴（豊臣）秀吉が６万ともいう兵で紀伊に侵攻し、根来寺を焼き払い、太田城を包囲し持久戦法をとり、城の周囲に堤を築いた。
大門川（宮井川）の水を塞き止めて水攻めを行い城は約１ヶ月もちこたえたが、城兵に疲れがではじめ、城将らが自刃して落城したという。
本丸跡とされている市内来迎寺の境内に城址碑が立っている。
城門は市内橋向丁の大立寺の山門として移されている。

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