１５６６年（永禄9）、長良川の美濃側の岸に、尾張織田方の木下藤吉郎（のちの秀吉）が築いた城とされている。
一夜にして築いたと巷間に伝わるが、建築材を上流から流し、２～３日で組立てたものであった。そして藤吉郎は、完成した城の城将に据えられたという。
現在は河川改修で城址の半分が削られてしまったが、残された土地に４層６階建ての天守をもつ墨俣一夜城歴史資料館として復元されてた。